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Al terminar la última glaciación entre los años 13.000 y 10.000 a. C. la temperatura empezó a subir gradualmente. El norte de África comenzó a recibir abundantes lluvias, que formaron pastizales, especialmente junto a los lagos que existían en las regiones que actualmente ocupan los desiertos del Sahara (al oeste del Nilo) y Arábigo (al este). El propio valle del Nilo era pantanoso y la humedad muy alta. La presencia de pastizales formados por una gran cantidad de gramíneas (cereales silvestres como el mijo, sorgo y arroz africano) permitió la existencia de una amplia variedad de animales (como los asnos salvajes) y estos atrajeron a los grupos humanos de cazadores-recolectores.
A causa de las lluvias producidas en el área del lago Victoria (fuente del Nilo Blanco), a finales de junio el nivel del río crece, tomando un color verdoso debido al arrastre de restos vegetales de los pantanos y lagos allí situados. Posteriormente se le suman las aguas producidas por el deshielo de las montañas que rodean el lago Tana (origen del Nilo Azul), que traen consigo arcilla rojiza, y el río se desbordaba (actualmente la presa de Asuán lo impide). Terminadas las inundaciones el nivel del río descendía y dejaba amplias áreas cubiertas de limo, compuesto por los sedimentos transportados. Este limo es muy fértil, por lo que los lugares abonados anualmente por él resultaban muy productivos.
Durante la segunda mitad del milenio VI a. C. comenzaron a desarrollarse culturas de carácter neolítico, tanto en el Nilo sudanés (Jartum)2 como en el Delta (El Fayum, Merimde),3 con pequeñas aldeas dedicadas a actividades sedentarias de agricultura y ganadería, situadas en zonas elevadas para evitar las inundaciones del Nilo. La presencia de aldeas agrarias es relativamente tardía en Egipto, ya que desde el milenio IX a. C. habían comenzado a aparecer en algunas regiones del Próximo Oriente, tales como la región histórica de Palestina (Jericó), Anatolia oriental (actual Kurdistán turco), y los montes Zagros (actuales Irán e Irak).
En el Bajo Egipto se desarrollaron los complejos culturales de:
Merimdé (5000–4100 a. C.), cuyo principal yacimiento está situado en la ribera occidental del delta del Nilo (El-Omari, 4600-4400 a. C.).
Fayum A (5200-4000 a. C.), en el lado oriental y algo más hacia el suroeste, en El Fayum, junto al lago Birket Qarun. Aquí todavía continuaban siendo seminómadas, ya que, aunque sembraban y cultivaban, se trasladaban de un lugar a otro para buscar nuevas tierras de cultivo, así como de caza y pesca.
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