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Las razones de su creación fueron varias. En primera instancia la explotación aurífera y , en segundo término, su localización estratégica: entre dos océanos y a la entrada de América del Sur la Corona podría tener un mayor control del comercialización a sus espaldas y contrarrestar el peligro de piratas, quienes interceptaban el comercio entre las colonias y España. De esta manera, la creación del Virreinato fue una necesidad de la Corona Española para mantener sus posesiones en el Nuevo Mundo bajo control.
Con la invasión de Napoleón en España y la destitución de Fernando VII, el movimiento independentista por parte de las colonias se hizo presente también en Nueva Granada.
El 10 de agosto de 1809, un grupo de criollos al mando de Juan Pío Montúfar declararon su propia junta en Quito, jurando lealtad a Fernando VII. Cabe recordar que las colonias dependían de la corona y no de la metrópoli, razón por la cual la ausencia de Fernando VII fue la excusa que propició la independencia en América.
La siguiente insurrección se produjo en Caracas, el 19 de abril y Cartagena de Indias el 22 de mayo de 1810. Surgieron eventos similares en otros lugares hasta que en 1810 se levantó Santa Fe, sublevación que ponía en crisis el centro mismo del Virreinato.
El 05 de julio de 1811 Caracas declaró la independencia de España y el 11 de noviembre Cartagena de Indias.
Estas declaraciones influyeron en las demás territorios quienes siguieron el mismo camino que las dos primeras, Venezuela y Colombia.
A la decisión adoptada siguieron años de batallas, derrotas y aciertos y el intento por parte de Fernando VII de restablecer el virreinato una vez recuperada la corona. Pese a las marchas y contra marchas, no fue posible; existían fracciones independentistas difíciles de sofocar.
Entre 1816 y 1819 se instituyó la época del terror en la que la corona española se hizo presente bloqueando diferentes puertos y tomando la capital con los ejércitos recientemente anclados que venían desde Barcelona y Sevilla con el objetivo de restituir el virreinato a sus orígenes.
Finalmente, la independencia de Colombia se logró en 1819. Simón Bolívar, liderando el ejército republicano logró tomar la ciudad de Santa Fe el 10 de agosto mientras el Virrey se daba a la fuga.
Más tarde, gracias a una tregua acordada entre el ejército de Nueva Granada y Simón Bolívar, éste último logró instituir la República de Colombia. La victoria conseguida fue la llave de entrada para lograr la independencia absoluta de Venezuela y Ecua