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La publicación del "Origen de las Especies" de Darwin en 1859 supuso la consolidación de una visión de la naturaleza que ya se venía fraguando desde hacía más de un siglo gracias a la gran cantidad de datos reunidos por los naturalistas. La concepción fijista de las especies fue siendo sustituida a lo largo del siglo XVIII y XIX por otra de tipo transformista. Esta última postulaba que todas las especies existentes provenían, mediante diversas transformaciones, de otras más primitivas y comunes y, por tanto, no habían permanecido siempre en sus formas actuales como se pensaba entonces.
La novedad aportada por Darwin fue la descripción de un mecanismo que explicaba de una manera sencilla y verosímil el modo en el que esas transformaciones se producían. Lo que parecía haber conseguido era dar cuenta de la variedad que observamos en la naturaleza, así como de su creciente complejidad, con el único recurso de leyes naturales fáciles de comprender. El mecanismo, basado en pequeñas variaciones al azar más la acción de la selección natural, fue considerado por algunos como el descubrimiento que permitía liberar a la biología de las manos de la teología y convertirla en una ciencia del mismo rango que otras ya consolidadas como la física. La propuesta de Darwin parecía ofrecer una explicación del grado de complejidad alcanzado por los seres vivos sin necesidad de recurrir a la finalidad. Esta constituía la base para los argumentos entonces más empleados de la existencia de Dios.
La propuesta de Darwin no sólo afectaba a las diferentes especies animales, sino que también alcanzaba al hombre. Darwin proponía que el hombre tenía también antecesores comunes con el resto de los seres vivos. Esto último fue lo que más polémica causó. Se desencadenó entonces un debate del que todavía no hemos visto el final.
Inicialmente la reacción de los cristianos, en general, fue de rechazo. Las causas de dicho rechazo procedían del tipo de racionalidad filosófica imperante en ese momento y de la aparente incompatibilidad de lo que proponía la nueva teoría con lo que narran las Sagradas Escrituras sobre el origen del mundo, de la vida y, en particular, del hombre. No obstante hubo pensadores que no veían incompatibilidad entre la nueva ciencia y la fe. Por ejemplo, Newman menciona la hipótesis de Darwin en una de sus cartas diciendo que no encontraba en ella nada contrario a la religión.
El mecanismo darwiniano pasó por distintas fases en cuanto a su grado de aceptación por parte la comunidad científica. El mismo Darwin llegó a considerar que no era el único mecanismo causante de la evolución. A lo largo del siglo XX se consiguió hacer una síntesis de las propuestas darwinistas con los principios de la genética descubiertos por Méndel también en la segunda mitad del siglo XIX. A mediados del siglo XX la "Teoría Sintética de la Evolución", que unía las aportaciones de Darwin y Mendel, dominaba completamente el ámbito académico y científico. Los nuevos hallazgos de la genética y la bioquímica han reforzado las líneas generales de la teoría sintética aunque también se han abierto nuevos interrogantes y desafíos que, no obstante, no parecen amenazar lo sustancial de la actual teoría de la evolución.
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