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Eucromatina participa en la transcripción activa de ADN a los productos de mRNA. La estructura permite plegar las proteínas reguladoras de genes y complejos de ARN polimerasa para unirse a la secuencia de ADN, que luego pueden iniciar el proceso de transcripción. No toda la eucromatina es necesariamente transcribe, pero, en general, lo que no se transcribe, se transforma en heterocromatina para proteger los genes, mientras que no se encuentran en uso. Existe por lo tanto un enlace directo entre la forma activa de una célula productiva y la cantidad de eucromatina que se puede encontrar en su núcleo. Se cree que la célula utiliza la transformación de eucromatina a heterocromatina como un método de control de la expresión génica y la replicación, ya que tales procesos se comportan de manera diferente en la cromatina densamente compactada, conocida como la hipótesis de accesibilidad. Un ejemplo de la eucromatina constitutiva que es "siempre encendido" es limpieza genes, que codifican para las proteínas necesarias para las funciones básicas de la supervivencia celular.
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