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Su padre, Huayna Cápac, murió en torno a 1525 y su sucesor Ninan Cuyuchi el mismo día. Esto dio lugar a la sangrienta guerra civil incaica por la sucesión entre Atahualpa y su hermano Huáscar. Atahualpa se hallaba entonces en Quito, al mando del ejército incaico del Norte y a cargo del gobierno de esa región, que estaba subyugada al Imperio incaico. Huáscar se coronó inca en Cuzco.[2] Tras una larga campaña, Atahualpa logró vencer a Huáscar en 1532 cerca de Cuzco.[3]
Atahualpa se hallaba en Cajamarca, de camino a Cuzco para coronarse inca, cuando recibió la visita de una expedición española al mando de Francisco Pizarro.[4] Pizarro le capturó por medio de un ardid.[5] Atahualpa ofreció pagar un enorme rescate a cambio de su libertad y Pizarro aceptó su oferta. Pero los españoles temieron un ataque indígena y decidieron traicionar y deshacerse de Atahualpa. Tras recibir el rescate le acusaron de traición, de conspiración contra la corona española, y de asesinar a Huáscar.[6] Le sometieron a juicio, le sentenciaron a muerte, y le ejecutaron por estrangulamiento.[7]
Pese a que Atahualpa no llegó a ser reconocido por la nobleza del Cuzco ni ostentar la Mascaypacha se le atribuye erróneamente ser el último emperador del Tahuantinsuyo.