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Si hablas de ventajas y desventajas evolutivas, la célula eucariotica tiene mucho menos probabilidades de mutar debido a que su maquinaria de replicacion del ADN tiene menor taza error que la de una célula procariota. La célula procariota puede tomar ADN del medio e incorporarlo en su ADN, puede conjugarse con otra bacteria, mientras la célula eucariota no puede hacer todo esto ultimo. La célula eucariota puede formar organismos superiores mientras las bacterias no. Su ADN no esta desnudo sino con histonas. Las ventajas y desventajas dependen del ambiente del que se trate, por ejemplo: en ambientes con condiciones extremas (altas temperaturas por ejemplo), las bacterias son las únicas que suelen colonizarlos. Las células eucariotas se encuentran en ciertas condiciones únicamente mientras las bacterias explotan todos los nichos de la tierra.
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