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Durante la época en que el Perú formó parte del Imperio español (1533-1824) fue regido por autoridades nombradas por el rey de España. El que inició la lista fue el conquistador Francisco Pizarro (1533-1542), con el título de gobernador y capitán general del Perú. Luego vino el gobierno de facto de Diego de Almagro el Mozo (1541-1542) y la restauración de la autoridad real con el gobernador Cristóbal Vaca de Castro (1542-1544).
Para fortalecer su poder, la Corona de España instauró el Virreinato del Perú, por real cédula del 20 de noviembre de 1542. Este era un sistema de gobierno a cuya cabeza se hallaba un virrey, que además era capitán general y presidente de la Real Audiencia de Lima.
El primer virrey fue Blasco Núñez Vela, cuya llegada al Perú en 1544 provocó la rebelión de los encomenderos encabezados por Gonzalo Pizarro, desatándose un nuevo periodo de guerra civil. Esta finalizó en 1548, con la derrota de los rebeldes a manos del pacificador Pedro de la Gasca, que asumió la gobernación del Perú hasta 1550. A partir de entonces se estabilizó el gobierno colonial y se sucedieron tranquilamente los virreyes nombrados por el rey, que en total llegaron a cuarenta.
El cargo de virrey tenía un periodo limitado de tiempo (inicialmente de tres años, luego de cinco), pero cuando se demoraba la elección o la llegada de su reemplazante, podía prorrogarse durante varios años más. Si el virrey moría en el ejercicio de su función, le sucedía interinamente, a la espera de su reemplazante, el oidor más antiguo de la real audiencia (oidor decano), que asumía la presidencia de dicho tribunal. Excepcionalmente, el reemplazante del virrey asumió el título de gobernador (Lope García de Castro, de 1564 a 1569) o de virrey interino (el arzobispo Diego Morcillo Rubio de Auñón, en 1716).
El último virrey fue José de la Serna, quien, a partir de 1821, a consecuencia del avance del ejército libertador, vio reducida su autoridad al sur peruano, estableciendo su capital en el Cuzco. La capitulación de Ayacucho del 9 de diciembre de 1824 puso oficialmente fin al gobierno colonial en el Perú.