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Su principal misión es desplazar a la célula. Son mucho menos numerosos que los cilios en las células que los poseen. Los flagelos son frecuentes en células móviles como ciertos organismos unicelulares y gametos masculinos.
Los flagelos están diseñados para que uno solo de ellos (o unos pocos) pueda impulsar a la célula y lo hacen mediante un movimiento helicoidal; en contraste, los cilios están diseñados para actuar coordinadamente con otros muchos sobre la superficie celular con un movimientos cíclicos de batido.
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