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La biodiversidad de Colombia posee uno de los índices más altos a nivel mundial, tanto es así que el Centro de Monitoreo de la Conservación del Ambiente ha incluido al país en la lista de los diecisiete megadiversos. Dichos índices son más altos en la región andina, siendo seguida por la región amazónica.
El territorio del país alberga 59 áreas protegidas designadas a nivel nacional. También contiene 311 tipos de ecosistemas costeros y continentales. Colombia es el país con más territorio de páramos en el mundo; más del 60 % del ecosistema andino colombiano está clasificado como páramo.Así mismo, acoge dos puntos calientes de biodiversidad; los Andes Tropicales y Tumbes-Chocó-Magdalena.
En 2019, según el Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia, 62 829 especies estaban registradas en el país, y de ellas más de 9000 son consideradas especies endémicas. El país ocupa la primera posición en el mundo en número de especies de orquídeas y aves, la segunda posición en plantas, anfibios, mariposas y peces de agua dulce, tercer lugar en especies de palmeras y reptiles y el cuarto lugar en la biodiversidad de mamíferos.
Según un informe de WWF, cerca de la mitad de los ecosistemas que existen en Colombia se encuentran en estado crítico o en peligro. Asimismo, de 1853 especies de plantas e evaluadas, 665 (36 %) se encuentran amenazadas y en peligro de extinción, mientras que de 284 especies de animales terrestres evaluados, 41 están en peligro crítico, 112 amenazadas y 131 son considerados vulnerables.
Desde 1998, el Instituto Humboldt de Recursos Biológicos ha estado recolectando muestras de biodiversidad. A partir de 2014, 16 469 muestras, que representan alrededor de 2530 especies de 1289 géneros, y 323 familias de la biodiversidad colombiana se han almacenado en sus archivos.