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cuando tenía 1 año y medio de edad3.
Para sus trabajos científicos siempre contó con el apoyo de su hermano menor Carlos, y para financiarlos solo disponía de los escasos fondos obtenidos de su librería situada en la ciudad de La Plata. Fue también maestro de escuela y llegó a ser director del Colegio Municipal de Mercedes, en la provincia de Buenos Aires. Fue profesor de zoología en la Universidad Nacional de Córdoba.
En 1886, Francisco P. Moreno lo nombró vicedirector y secretario del Museo de La Plata, asignándole la sección de Paleontología, que Ameghino enriqueció con su propia colección (que vendió al estado provincial). Pero fue poco el tiempo en que estos dos científicos trabajaron juntos.
Finalmente fue director del Museo Nacional de Buenos Aires. su teoría era coexistencia entre seres humanos y la megafauna extinta en la zona pampeana. Incluyendo un posible origen del ser humano y posterior evolución en América. Como autodidacta, estudió los terrenos de la Pampa, coleccionando numerosos fósiles, en los que se basó para hacer numerosas investigaciones de geología y paleontología. También investigó el hombre cuaternario en el yacimiento arqueológico de Chelles.
Falleció en La Plata, a la edad de 57 años, el 6 de agosto de 1911, enfermo de diabetes y también por resistirse a una intervención quirúrgica. Sus restos se ubican en el Cementerio de La Plata.
La Guerra de los huesos
El Director del Museo de La Plata, Francisco Pascasio Moreno, contrató en 1886 a Florentino Ameghino como Secretario Subdirector del Museo de La Plata y a su hermano menor Carlos Ameghino como naturalista de campo y Ayudante Preparador de Paleontología. Hacia 1887, tras exitosas expediciones de Carlos al río Santa Cruz que Florentino convirtió en la publicación de 122 nuevas especies, las ya arruinadas relaciones con Moreno terminaron en la expulsión de los hermanos del Museo de La Plata y la prohibición de ingreso a la institución. En los años siguientes las colectas continuaron con distintos colaboradores por ambos lados, pero en general, las libretas de campo contenían anotaciones con datos de localidades falsas o alterados de modo de evitar que dieran información a un eventual integrante del equipo rival.
Obra científica