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El estroncio también puede existir en forma de isótopo radiactivo. El 90Sr, o estroncio noventa, es el isótopo radiactivo más peligroso del estroncio. El 90Sr se forma en reactores nucleares o durante la explosión de armas nucleares. Todo elemento radiactivo, incluso el estroncio, emite radiación constantemente, y este proceso lo transforma en un isótopo de otro elemento o en isótopo diferente del mismo elemento. Este proceso se llama decaimiento radiactivo. El 90Sr emite partículas beta (llamada algunas veces radiación beta) y se transforma en itrio noventa (90Y). El 90Y también es radiactivo y emite radiación transformándose en circonio noventa (90Zr), un isótopo estable. La vida-media de un isótopo es el tiempo que tarda la mitad del isótopo en emitir su radiación y transformarse en un isótopo diferente. La vida-media del 90Sr es de 29 años. El 90Sr tiene pocos usos y se considera como un producto de desecho. El isótopo radiactivo 89Sr se usa en quimioterapia para aliviar el dolor de los huesos en pacientes con cáncer de los huesos. El 84Sr también se ha usado en la práctica de la medicina.
Las cantidades de estroncio radiactivo (o cualquier otro elemento radiactivo) se miden en unidades de masa (gramos) o de radioactividad (curies o becquereles). Tanto el curie (Ci) como el becquerel (Bq) indican la cantidad de material radiactivo que decae cada segundo. El becquerel es una unidad internacional nueva que pertenece al Sistema Internacional (S.I.), mientras que el curie es una unidad más antigua; ambas se usan hoy en día. Un becquerel es equivalente a la cantidad de material radiactivo en la que 1 átomo se transforma cada segundo. Un curie es equivalente a la cantidad de material radiactivo en la que 37 billones de átomos se transforman cada segundo; esto corresponde aproximadamente a la radioactividad de 1 gramo de radio, otro material radiactivo. El estroncio puro es extremadamente reactivo y arde espontáneamente en presencia de aire por lo que se le considera un riesgo de incendio. El cuerpo humano absorbe estroncio al igual que calcio. Las formas estables (no radiactivas) de estroncio no provocan efectos adversos significativos en la salud, pero el Sr-90 radiactivo se acumula en el cuerpo prolongando la exposición a la radiación y provocando diversos desórdenes incluido el cáncer de hueso