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El mayor inconveniente de esta teoría es que no resuelve el problema inicial de cómo surgió la vida, sino que mueve la responsabilidad del origen a otro lugar. Otra objeción a la panspermia es que las bacterias no sobrevivirían a las altísimas temperaturas y las fuerzas involucradas en un impacto contra la Tierra, aunque no se ha llegado aún a posiciones concluyentes en este punto (ni a favor ni en contra), pues se conocen algunas especies de Bacterias extremofilas capaces de soportar condiciones de radiacion, temperatura y presión extremas que hacen pensar que la vida pudiera adquirir formas insospechadamente resistentes.
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