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Una carta de Plinio el Joven al emperador Trajano sobre los cristianos (Cartas, X, 96), confirma otras noticias sobre la gran expansión de las comunidades cristianas en Asia Menor ya a comienzos del siglo II. La difusión del cristianismo en Occidente fue posterior, al margen de los viajes de Pedro y de Pablo a Roma y de la interpretación que se ofrezca sobre el dudoso viaje de Pablo a Hispania. Desde finales del siglo II y en un lento pero continuado proceso durante el siglo III, se fueron creando comunidades cristianas en todo Occidente. Pero el cristianismo se había difundido casi exclusivamente en los medios urbanos.
El carácter monoteísta del cristianismo y, por lo mismo, el negarse los cristianos a dar culto a los dioses romanos, fue el motivo principal de las persecuciones. La historiografía moderna (Frend, Moreau, Simon-Benoit) permite advertir que no hubo una persecución indiscriminada y generalizada de los cristianos. En la respuesta de Trajano a Plinio el Joven (Cartas, X, 97), el emperador ya pone unos límites a la persecución de cristianos: "no es preciso perseguirlos sistemáticamente. Pero si son denunciados y convictos, se les debe castigar con la siguiente excepción: quien negara que es cristiano y diera prueba de ello sacrificando a nuestros dioses, aún cuando sea sospechoso sobre su pasado, debe ser perdonado. Y no debe prestarse ninguna atención a las acusaciones hechas mediante anónimos, pues es un procedimiento de un mal ejemplo y no es propio de nuestra época".
La necesaria clandestinidad a que se vieron forzados los cristianos, muy a menudo condicionó fuertemente la organización de sus propias comunidades. Por una parte, se fue configurando una jerarquía eclesiástica; más importante aún fue el abandono paulatino del carácter democrático de las primitivas comunidades. Así, los obispos pasaron a ser los únicos intérpretes válidos de la voluntad divina.
Tertuliano dice que los cristianos estaban organizados en asociaciones, collegia; él utiliza el término corpus. Sobre este punto, la historiografía moderna no es unánime sobre algunas de sus implicaciones: si eran asociaciones permitidas, ¿cómo explicar la persecución de sus miembros? En todo caso, es cierto que, al amparo de la normativa sobre el régimen asociativo, las comunidades cristianas antes de Constantino llegaron a tener su propio patrimonio.
Si, en sus comienzos, había un predominio de cristianos pertenecientes a los bajos estratos sociales, a comienzos del siglo IV había cristianos en todos los niveles de la sociedad. Por otra parte, el cristianismo era la única religión coherente, sin sincretismos. Aún así, la síntesis pagana que se estaba operando entre Apolo-Sol y el acercamiento de Mitra no permitía ver con total claridad qué apoyo religioso era más conveniente para el poder político. La decisión de Constantino de reconocer al cristianismo reforzó las posibilidades de éste de ser la opción preferida como religión oficial del Imperio.
El poder político fue permisivo frente a toda forma religiosa que no amenazara el orden vigente, pero, hasta el siglo III, ese poder encontró su justificación y apoyo en los dioses del panteón romano.