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Todo Empieza en que Doña Perfecta y su hermano deciden que sus hijos se casen. Pepe va a visitar a su tía y a su prima a Orbajosa, ciudad donde viven. Éstas es una ciudad sin vida intelectual, con una economía no muy buena. Al conocerse, Rosario y Pepe se causan buena impresión mutuamente y se quieren casar.
Más tarde , en la cena, Inocencio el penitenciario pregunta a Pepe que le parece la ciudad y Pepe le contesta sinceramente lo que piensa, sus palabras son una invitación al combate que se entabla entre Pepe y el peninteciario ; Pepe se va metiendo cada vez más en una situación imposible y caé en la trampa que le está preparando Inocencio, este está en contra de Pepe por que su sobrina Remedios queria casar a su hijo Jacinto con Rosario.
Doña Perfecta tras oir varias conversaciones se pone en contra de Pepe y encierra a su hija Rosario en su cuarto por que no quiere ya que se case con ella y por medio de influencias quiere hacerle la vida imposible a Pepe para que se vaya de Orbajosa . Pepe estuvo a punto de irse de Orbajosa pero se enteró de que su amor hacia Rosario era correspondido y se quedó para poder liberarla y casarse con ella.
Pepe trama un plan pero Mª Remedios decide espiarlo y descubre que va a tener un encuentro con Rosario, Mª Remedios avisa a Doña Perfecta , esta baja a la huerta y ve que es verdad entonces manda a Caballuco a matar a Pepe y le mata.
Rosario acaba en un asilo de locos, Inocencio decide marcharse a Roma después de todo lo ocurrido y Doña Perfecta gasta todo su dinero en funciones religiosas.
creo que es ese creooooooooooooooooooooooooooooo
Pepe Rey, ingeniero de 34 años, se dirige allá para conocer a su prometida Rosario, hija única de doña Perfecta, quien tiene fama de dama muy virtuosa, y a tomar posesión de Los Alamillos de Bustamante, tierras fértiles que había heredado de su madre.
Aquel casamiento había sido idea del padre de Pepe Rey, lo que aprueba y comparte doña Perfecta.
Cuando el joven llega al pequeño pueblo, su tía y Rosario lo reciben con muestras sinceras de cariño y agrado. Su venida, en cambio, no es bien acogida por el canónigo de la catedral, don Inocencio, consejero espiritual de doña Perfecta y asiduo tertulio de su casa. Este malestar y antipatía se deben a que la sobrina del canónigo, María Remedios, es madre de Jacintillo, flamante abogado al que ambos pretenden casar con Rosario.
Don Inocencio, conservador y ortodoxo, choca de inmediato con las ideas progresistas de Pepe Rey y se las ingenia para que el joven también entre en puma con las convicciones ultraclericales de su tía y con las de otros lugareños desconfiados y supersticiosos, hostiles y soberbios como la mayoría de los habitantes de Orbajosa, en quienes predomina un criterio arcaico y cerrado frente a la ciencia y al progreso que defiende el joven ingeniero.
Entonces, el canónigo y doña Perfecta entablan contra Pepe Rey una guerra sorda e hipócrita, cuyo pretexto es el supuesto ateísmo que le atribuyen, sin que aquél haya dado motivo alguno para semejantes acusaciones. Ambos fomentan intrigas y escándalos, pleitos entre Pepe Rey y los colindantes de sus tierras, murmuraciones en su contra, destitución del cargo oficial que éste trae, expulsión de la catedral por supuestas irreverencias, hasta que doña Perfecta termina por recluir a Rosario en su habitación para que no pueda verse con su prometido. Finalmente echa a éste de la casa porque "era una inmunda gusanera de pleitos."
Pepe Rey, que ama verdaderamente a Rosario y es correspondido por ella, pese a sentir cruelmente la pugna entre su amor, su fe y su deber de hija, está decidido a casarse con la joven, aunque doña Perfecta se oponga. Para tratar este asunto y ponerse de acuerdo con su prometida, acude a verla a medianoche. Pero la terrible tía es avisada de esta visita por María Remedios, quien ha estado espiando al ingeniero.
Dominada por el odio y la ira, la viuda ordena a Caballuco, encargado del correo y cacique del lugar, que mate al joven, y éste ejecuta la orden de inmediato.
Para ocultar el asesinato, se divulga la idea de que Pepe Rey se ha suicidado, pretexto esgrimido por el clero para negarle cristiana sepultura. Enterada de estos trágicos sucesos, Rosario enferma de dolor y angustia, para finalmente enloquecer, y como su mal es incurable, la recluyen definitivamente en una casa para enfermos mentales.
La novela, una de las mejores y más difundidas de Pérez Galdós, profundiza en el análisis psicológico de sus personajes, se deleita en la descripción de ambientes, y entra al estudio de problemas sociológicos a la manera del naturalismo, ya difundido en España.
Pero la riqueza imaginativa del autor es lo que predomina en la obra, por lo que Doña Perfecta destaca principalmente como excelente representación de pasiones en pugna.