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Pedro Alonso Niño nació en la localidad onubense de Moguer, Andalucía (España) sobre el año 1468 (también la localidad natal esta sin confirmar fehacientemente). Marinero desde su juventud se formó navegando por las costas de África.
En 1492, en el primer viaje colombino en el que se descubrió las nuevas tierra, fue el piloto de la carabela Niña. Dos años más tarde, en 1494 participó y en el segundo viaje colombino volviendo, rápidamente a la península, estaba en Cádiz el 7 de marzo de 1494. Aunque estaba alistado para hacer el tercer viaje a colombino al final no pudo realizarlo. No esta suficientemente claro en cual de los dos viejes realizó Alonso.
Recibió el título de Piloto Mayor de las Indias, el primero junto con Juanoto Berardi, y durante los años 1495 y 1496 realizó varios viajes a las nuevas tierra capitaneando algunos barcos.
Expedición a la Costa de las Perlas Rutas seguidas por Pedro Alonso Niño en 1499 y 1500Pedro Alonso Niño planteó realizar una expedición[3] particular a las tierras recién descubiertas, a la Costa de las Perlas que había dejado deslumbrados a los exploradores de los primeros viajes colombinos. Para ello busco la financiación de Luis Guerra, el bizcochero de Triana, rico comerciante, que le puso a su hermano Cristóbal de capitán de la expedición quedando Pedro Alonso Niño de piloto de la nave, una carabela con 33 hombres.
La marinería estaba compuesta por gentes de la confianza de Pedro como Alonso García y Juan Barrero, que habían estado ya en el lugar y por lo tanto estaban familiarizados con lo que se iban a encontrar.
Bartolomé de las Casas relata la gesta de Alonso de esta forma: "Uno de los primeros que a par cuasi de Hojeda vinieron a descubrir, fueron un Peralonso Niño y un Cristóbal Guerra, vecinos, el Guerra, de Sevilla, y el Peralonso creo q