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Proceso de ocupación y colonización
Antes de la conquista española, el área de estudio se encontraba ocupada por pueblos indígenas que se dedicaban a actividades de caza, pesca, recolección de frutos y agricultura de subsistencia. En el siglo XVI se realizaron expediciones en busca de metales preciosos; estas expediciones contaban con amplios poderes, incluyendo la capacidad de trasladar colonos a la Región Amazónica.
La actividad de misioneros religiosos, especialmente los Jesuitas, dio origen a la creación de misiones. A fines del siglo XVIII y comienzos del siglo XIX, cuando los Jesuitas se retiran de la región, desaparecen muchos puestos avanzados de colonización, disminuyendo la presencia del poder central en estos territorios. En las décadas de 1880 a 1940, con las labores de extracción de caucho, se incrementó nuevamente el flujo colonizador, estableciéndose a orillas de los ríos Putumayo y Napo grandes haciendas agropecuarias, que proveían de arroz, ganado vacuno y otros alimentos a los caucheros.
Los conflictos armados en las fronteras con Perú en ese periodo ocasionaron la presencia de contingentes militares de avanzada, y la iniciación de conexiones viales de la Intendencia de Putumayo con el resto del país.
Hasta esa época el transporte y la colonización se realizaron sirviéndose de los ríos como única vía de comunicación existente. El grado de ocupación y explotación de los recursos naturales fue mínimo, causado en parte por las dificultades de comunicación y de acceso a las áreas consideradas como "baldías". Hoy en día, los indígenas aún conservan su estilo de vida y gran parte de su habitat natural.