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Las relaciones políticas entre la República de Honduras y de El Salvador se desarrollaron con mayor énfasis en la relación regional, a partir del Proceso de la Integración Centroamericana que inició en la década de 1960.
En esta época, El Salvador logró el mayor crecimiento económico de toda su historia y por su cercanía, Honduras se convirtió en el principal mercado para los productos salvadoreños;
Sin embargo, en 1969 se produjo una guerra entre El Salvador y Honduras, lo que llevó a un rompimiento de relaciones a lo largo de la década de los 70's, restableciendose éstas en 1980, con la Firma de los Acuerdos de Paz por ambos países en la ciudad de Lima, Perú.
Con el restablecimiento de relaciones bilaterales se retomó la agenda pendiente entre ambos países. Asimismo, fueron definidos los límites fronterizos, mediante el Fallo de la Corte Internacional de Justicia en La Haya, Holanda, el 11 de septiembre de 1992.
Por otra parte, la relación entre ambos países se ha visto sustancialmente incrementada en el marco de la Integración Centroamericana, especialmente en las negociaciones de los tratados comerciales conjuntos, como el Tratado de Libre Comercio de Centroamérica y República Dominicana con los Estados Unidos.