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Las regiones biogeográficas que se pueden considerar como las principales de la aguas tropicales son la del oeste del Pacífico, la del Atlántico tropical y la del este del Pacífico tropical, establecidas como resultado de barreras hechas hace mucho tiempo, que determinaron la distribución de la flora y la fauna marinas superficiales, al igual que los continentes que cruzan el ecuador en una dirección nortesur; por ejemplo, la gran barrera del este del Pacífico, esa extensión de agua muy profunda que se encuentra interrumpida por Polinesia y Hawai, al oeste, y por el continente americano al este. Esta barrera divide la zona tropical en las tres principales regiones de características fisicoquímicas y biológicas particulares.
- Aguas tropicales: Las aguas tropicales ocupan la región en la isoterma de los 20ºC. Es decir, la zona de agua situada a norte y sur del Ecuador que baja de los 20ºC. Los aguas tropicales son aquellas situadas entre el Trópico de Cáncer y el de Capricornio, cuyas aguas se caracterizan por su elevada transparencia, una temperatura media por encima de los 23º C y la alta cantidad de radiación solar que reciben.
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