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Las sublevaciones del siglo XVI se deben comprender en el contexto del proceso de conquista. En la mayoría de ellas predominó la violencia con todos sus excesos, practicados por ambos bandos. Por citar un ejemplo, en la guerra de Arauco en el reino de Chile, las crueldades eran pan de cada día. Fueron numerosos los empalamientos que afectaron a los mapuches, siendo quizás el más conocido el realizado al toqui Caupolicán. Por el otro lado, los soldados españoles se estremecían con el sonido de las flautas, fabricadas por los mapuches con los huesos de las canillas de hispanos capturados en combate.
Ya a partir de la segunda mitad del siglo XVI, la excesiva intransigencia de los misioneros católicos respecto a las costumbres y creencias nativas, desencadenó diversos movimientos locales que combinaban la violencia con rasgos milenaristas. Generalmente estas rebeliones fueron estimuladas por hechiceros que anunciaban la llegada de nuevos tiempos. Se predicaba el abandono del cristianismo y la vuelta a las tradiciones precolombinas a través del restablecimiento del orden interrumpido por la conquista.
Un ejemplo de esta situación es la llamada guerra del Mixton en el norte de México (Nueva Galicia), entre 1541 y 1542. Allí las tribus cascanes se levantaron en la región de Tlatenango y Suchipila, quemando iglesias y cruces, matando misioneros y castigando severamente a los indígenas que persistían en la fe católica.
Pero la evangelización no siempre fue resistida violentamente. En muchos lugares el milenarismo actuó silenciosamente a espaldas del español, originando movimientos que cuestionaban la dominación hispana en un plano ideológico y cultural. Quizás el caso más conocido fue el del Taqui Ongo en el Perú de las últimas décadas del siglo XVI. Este movimiento preconizó el enfrentamiento de los dioses indígenas con el dios cristiano, donde el triunfo pertenecería a los primeros. De esa manera, los europeos serían expulsados del mundo andino, iniciándose un nuevo ciclo cósmico.
A la rebelión violenta y al milenarismo hay que agregar la incorporación parcial de algunos elementos de la doctrina católica, con el propósito de esconder la vigencia del culto a los dioses antiguos. El sincretismo religioso de nuestros días deriva precisamente de esta reacción, que permitió al indígena mantener parte de sus creencias bajo las formas del culto cristiano.
ahi te hice un resumen de la resistencia indigena