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Los antepasados de Dodgson procedían principalmente del norte de Inglaterra, con algunas conexiones irlandesas. Conservadores y miembros de la High Church anglicana, la mayoría de ellos se dedicaron a las dos profesiones características de la clase media-alta inglesa: el ejército y la Iglesia. Su bisabuelo, llamado también Charles Dodgson, su abuelo, otro Charles, fue capitán del ejército y murió en batalla en 1803, cuando sus dos hijos eran todavía muy pequeños.
El mayor de ellos —también llamado Charles— escogió la carrera eclesiástica. Estudió en Westminster School y más tarde en Christ Church, Oxford. Con grandes dotes para las matemáticas, obtuvo una doble titulación que prometía ser el comienzo de una brillante carrera académica. No obstante, el futuro padre de Lewis Carroll prefirió, tras casarse en 1827 con su prima, convertirse en párroco rural.
Su hijo Charles nació en la pequeña parroquia de Dareso, en Cheshire. Fue el tercero de los hijos del matrimonio Dodgson, y el primer varón. Después seguirían ocho hijos más y, lo que resulta más insólito para la época, todos ellos —siete chicas y cuatro chicos— sobrevivirían hasta la edad adulta. Cuando Charles tenía once años, su padre fue nombrado párroco de la localidad de Croft-on-Tees, en North Yorkshire, y toda la familia se trasladó a la espaciosa rectoría que sería la morada familiar durante los siguientes 25 años.
Dodgson padre fue haciendo progresos en el escalafón eclesiástico: publicó varios sermones, tradujo a Tertuliano, se convirtió en archidiácono de la catedral de Ripon y tomó parte activa en las apasionadas discusiones que por entonces dividían a la Iglesia de Inglaterra. Era partidario de la High Church y favorable al anglo-catolicismo; admiraba a John Henry Newman y al movimiento tractariano, e hizo lo que pudo para transmitir a sus hijos sus puntos de vista.
El joven Charles inició su educación en su propia casa. Las listas de sus lecturas conservadas por la familia, atestiguan su precocidad intelectual: a los siete años leyó The Pilgrim’s Progress de John Bunyan. Se ha dicho que sufrió un trauma infantil cuando se le obligó a contrarrestar su tendencia natural a ser zurdo; no hay, sin embargo, ninguna evidencia de que haya sido así. Sí sufrió de un tartamudeo que tendría efectos perjudiciales en sus relaciones sociales durante toda su vida. También padeció sordera en el oído derecho a consecuencia de una enfermedad. A los doce años fue enviado a una escuela privada en las afueras de Richmond, donde parece que se integró bien, y en 1845, fue trasladado a Rugby School, donde fue evidentemente un tanto infeliz, según él mismo escribió algunos años después de abandonar el lugar:
Creo ... que por nada en este mundo volvería de nuevo a vivir los tres años que pasé allí ... Puedo decir, honestamente, que si hubiese estado ... a salvo de la molestia nocturna, la dureza de la vida diurna se me hubiera hecho, en comparación, muchísimo más soportable.1La naturaleza de esta «molestia nocturna» nunca será, quizá, correctamente interpretada. Puede ser una forma delicada de hacer referencia a algún tipo de abuso sexual. Académicamente, sin embargo, Charles se las arregló bastante bien. Su profesor de matemáticas, R. B. Mayor, dijo de él: No he conocido a un chico más prometedor desde que estoy en Rugby.
Abandonó Rugby a finales de 1850 y en enero de 1851 se trasladó a la Universidad de Oxford, donde ingresó en el antiguo college de su padre, Christ Church. Llevaba sólo dos días en Oxford cuando tuvo que regresar a su casa porque su madre había muerto de «inflamación del cerebro» (posiblemente meningitis) a los cuarenta y siete años de edad.
Cualesquiera que hayan sido los sentimientos que la muerte de su madre le produjo a Dodgson, no permitió que le apartaran del objetivo que le había llevado a Oxford. Tal vez no siempre trabajó duro, pero estaba excepcionalmente dotado y obtuvo con facilidad resultados excelentes. Su temprana carrera académica osciló entre sus éxitos, que prometían una carrera explosiva, y su tendencia irresistible a la distracción. A causa de su pereza, perdió una importante beca, pero, aun así, su brillantez como matemático le hizo ganar, en 1857, un puesto de profesor de matemáticas en Christ Church que desempeñaría durante los 26 años siguientes (aunque no parece haber disfrutado especialmente de su actividad). Cuatro años después fue ordenado diácono.
En Oxford se le diagnosticó epilepsia, lo cual por entonces constituía un estigma social considerable. Sin embargo, recientemente John R. Hughes, director de la Universidad de Illinois (Chicago), ha sugerido que pudo haber habido un error de diagnóstico.