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Al observar al microscopio, una de las primeras diferencias entre bacterias y cianobacterias que se puede notar fácilmente es el tamaño. Por lo general, el tamaño de las bacterias típicas rondan los 0,5 y 5 µm de longitud, mientras que el de las cianobacterias es mucho mayor, teniendo una longitud que va de 5 a 20 µm.
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