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José Joaquín de Olmedo nació en Guayaquil el 20 de marzo de 1780, en el seno de una familia acomodada. Sus padres fueron el capitán Miguel Agustín de Olmedo y Troyano, y la dama guayaquileña Ana Francisca Maruri y Salavarría.Su padre, Miguel de Olmedo y Troyano, era un capitán español natural de la villa de Mijas, cerca de Málaga. Miguel de Olmedo salió de Cádiz en 1756 rumbo a Panamá reclamado por un tío materno suyo, el también capitán Cristóbal Troyano de León, que desempeñaba por entonces la Comandancia General de la Artillería de Tierra Firme. En Panamá residió cuatro años, y después ocupó en Guayaquil el cargo de tesorero y comisario de guerra para la expedición al Marañón. En Guayaquil se quedó de oficial del fortín de San Carlos y se dedicó al comercio, haciéndose dueño de las fragatas "San Isidro" y "San Fermín". Contrajo matrimonio con la guayaquileña Ana Francisca de Maruri y Salavarría, de la antigua nobleza vasca asentada en la cuenca del Guayas, con la que tuvo a sus hijos José Joaquín y Magdalena.
Olmedo recibió su educación primaria en su ciudad natal, y a los nueve años de edad fue llevado por su padre a la ciudad de Quito para que continúe sus estudios en el Seminario San Luis, aunque posteriormente pasó al Convictorio de San Fernando, regentado por la Orden de Predicadores (dominicos), donde aprendió nociones de latinidad y gramática castellana. Durante su estadía en este centro de estudios conoció a José Mejía Lequerica —con quien entabló una gran amistad—, y tuvo entre sus maestros al doctor Eugenio de Santa Cruz y Espejo, el cual mostró gran interés en ambos estimulándolos al estudio.
En 1792 Olmedo regresó a Guayaquil, sin embargo, sus padres decidieron enviarlo a Lima en 1794,a cargo de su pariente, el doctor José de Silva y Olave,chantre de la Catedral de Lima y vicerrector del Real Convictorio de San Carlos, centro de estudio en donde fue matriculado y estudió filosofía y matemática. En 1799 fue alumno de la Universidad de San Marcos y figuró en un acto público de filosofía y matemáticas. En 1800 obtuvo por oposición en San Carlos la cátedra de Filosofía. En 1802 escribió Epitalamio con ocasión de las bodas de una pareja amiga. En 1803 escribió el poema Mi retrato y se lo envió a su única hermana Magdalena, que residía en Guayaquil, pidiéndole que al pie pusiera como letrero: "Amó cuanto era amable, amó cuanto era bello".
El 15 de junio de 1805 obtuvo el doctorado en Jurisprudencia y pasó a dictar Derecho Civil en el colegio de San Carlos. El 6 de noviembre del mismo año se recibió en práctica y al año siguiente alcanzó el doctorado en ambos derechos Civil y Canónico, escribiendo sus poemas Matemáticas y Loa al Virrey. Para 1807 publicó En la muerte de doña María Antonia de Borbón, princesa de Asturias.
Después de 4 años de práctica se graduó de abogado en 1808, se incorporó al Colegio de Lima y dictó la cátedra de Digesto en San Marcos. Casi enseguida fue llamado a Guayaquil porque su padre estaba grave. Arribó el 20 de agosto, para recibir de su padre el encargo de ser el albacea de sus ya menguados bienes y velar por el sustento de la madre (casi ciega) y todavía en el hogar.
