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Los procariotas pueden sobrevivir en muchos ambientes que no toleran otras formas de vida. Se han encontrado en las extensiones heladas de la Antártida, en las oscuras profundidades del océano y hasta en las aguas casi hirvientes de las fuentes termales naturales.
Algunos procariotas están entre los muy pocos organismos modernos que pueden sobrevivir sin oxígeno libre, obteniendo su energía por procesos anaeróbicos (obtención de energía por la célula en ausencia de oxígeno). Desde un punto de vista ecológico, los procariotas son los más importantes como descomponedores. Degradan material orgánico a formas que pueden ser utilizadas por las plantas. Desempeñan también en papel principal en el proceso conocido como fijación del nitrógeno.