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El DANE reconoce la existencia de 87 grupos indígenas (Achagua, Amorúa, Andoke, Arhuaco, Arzario, Awá, Bara, Barasana, Barí, Betoye, Bora, Cañamomo, Carapana, Chimila, Chiricoa, Cocama, Coreguaje, Coconuco, Coyaima, Desano, Dujo, Emberá, Chamíes Chamí, Emberá Katío, Eperara Siadipara, Guambiano, Guanaca, Guane, Guayabero, Hitnü, Inga, Kawiyarí, Kamëntsa, Kankuamo, Karijona, Kichwa, Kofán, Kogui, Kubeo, Kuiba, Kurripako, Letuama, Makaguaje, Makuna, Masiguare, Matapí, Miraña, Mokaná, Muisca, Nasa, Nonuya, Nunak, Ocaina, Pasto, Piaroa, Piratapuyo, Pisamira, Puinave, Sáliba, Senú, Sikuani, Siona, Siriano, Taiwano, Tanimuka, Tariano, Tatuyo, Teribe, Totoró, Tsiripu, Tucano, Tule, Tuyuka, Tzase, Uitoto, U'wa, Wanano, Waunan, Wayuu, Yagua, Yanacona, Yaruro, Yauna, Yuko, Yukuna, Yuri y Yurutí), además de aquellas personas que se autoidentifican con pueblos considerados extintos (Calima, Chitarero, Panche y Tairona), de origen extranjero (Otavaleño, Maya y otros) o que no se identifican con ningún pueblo en particular.
Por su parte, la ONIC afirma que existen 300 pueblos indígenas, de los cuales 160 se encuentran en peligro de desaparecer.