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Respuesta:
Oposición mediática y empresarial
La Sociedad Rural y la Unión Industrial se habían unido en una asociación anti estatal llamada ACIEL (Acción Coordinada de las Instituciones Empresarias Libres). Ambas atacaron persistentemente el déficit del Estado, la inclinación del gobierno por los controles de precios y de cambio, su proteccionismo a las empresas públicas como YPF y la decisión de mantener congelados los arrendamientos agrícolas impuestos bajo el gobierno de Ramírez en 1943.
Oposición internacional y guerra sucia
Finalmente para entonces, Estados Unidos, en el marco de la Guerra Fría, ya comenzaba a promover abiertamente el terrorismo de Estado y la instalación de dictaduras militares permanentes en América Latina, impulsadas desde la Escuela de las Américas instalada en Panamá, dentro de la llamada Doctrina de la Seguridad Nacional. Como primer paso de ese camino, fuerzas militares habían instalado en 1964 un gobierno militar permanente en Brasil al derrocar al presidente João Goulart.
El sector castrense
Los rumores de posibles golpes de estado acosaron al gobierno radical durante toda su gestión, y las simpatías del vicepresidente Perette por los militares colorados no hacía más que complicar la situación, ya que el ascenso de Juan Carlos Onganía a Teniente General daba un resonante triunfo a los azules y desalentaba las intenciones de reincorporación de los colorados retirados. Los azules y colorados eran una división interna de las fuerzas armadas con respecto al peronismo.
Golpe de Estado de 1966
28 de junio de 1966, en una fría mañana de invierno se produjo el golpe militar en medio de la indiferencia de la ciudadanía. Los militares forzaron a Arturo Illia a abandonar la presidencia y hacerse ellos nuevamente con el poder.
El general Julio Rodolfo Alsogaray, el brigadier Rodolfo Pío Otero —jefe de la Casa Militar de la Casa Rosada—, el coronel Luis Perlinger y un grupo de oficiales se presentaron en el despacho presidencial para solicitarle que se retire de la Casa de Gobierno, asegurándole en todo momento su integridad física. Este se negó rotundamente y luego de una fuerte discusión les manifestó: «El comandante en jefe de las Fuerzas Armadas soy yo», provocando que los militares abandonasen el despacho. Ante la fuerte negativa los efectivos policiales ingresaron con pistolas lanzagases, mientras que las tropas rodearon por completo la Casa Rosada. Perlinger volvió a solicitar al presidente que se retirase, asegurándole que en caso contrario «no podría garantizar la seguridad de las personas que lo acompañaban». Finalmente, Illia optó por abandonar el lugar.