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Los vertebrados se originaron durante la explosión cámbrica, a principios del Paleozoico, junto con otros muchos grupos de animales. El vertebrado más antiguo que se conoce es Haikouichthys, con una antigüedad de 525 millones de años.11 Se asemejaban a los mixinos actuales, ya que carecían de mandíbulas (agnato), y tanto su cráneo como su esqueleto eran cartilaginosos. Otro vertebrado ancestral es Myllokunmingia. Ambos proceden de Chengjiang (China).
Los primeros peces con mandíbulas (gnatóstomos) aparecieron en el Ordovícico, y se hicieron abundantes durante el Devónico, que por ello se denomina a veces la "edad de los peces"; durante este periodo desaparecieron muchos de los agnatos ancestrales y aparecieron los laberintodontos, formas transicionales entre peces y anfibios.
Los primeros reptiles hicieron su aparición en el siguiente periodo, el Carbonífero. Los reptiles anápsidos y sinápsidos abundaron durante el Pérmico, en el tramo final del Paleozoico, mientras que los diápsidos fueron los vertebrados dominantes durante el Mesozoico. Los dinosaurios originaron a las aves en el Jurásico. La extinción de los dinosaurios al final del Cretácico propició la expansión de los mamíferos, que se habían originado hacía ya mucho tiempo a partir de reptiles sinápsidos, pero que habían permanecido en un segundo plano durante el Mesozoico.
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