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pueden distinguirse dos categorías entre los microorganismos que se encuentran en un ecosistema: los autóctonos y los alóctonos. Los autóctonos son propios de un determinado ecosistema y se encuentran siempre en él. En el suelo las bacterias autóctonas están siempre, independientemente de que lleguen al suelo o no determinados nutrientes externos. Su presencia se debe a la afluencia más o menos constante de nutrientes típicos del ecosistema. Entre los microorganismos alóctonos (o zimógenos) se cuentan aquellos cuya presencia se debe al incremento ocasional de la concentración de nutrientes o de un nutriente determinado.
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