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Cuando recibió la noticia de la captura de Atahualpa a manos de los españoles decidió ofrecerles ayuda creyendo que lo liberarían de las «malignas tropas de Quito». A cambio de entregarles Cuzco los españoles lo nombraron emperador Inca, pero a causa de los múltiples abusos que cometían contra él y su pueblo, decidió escapar y rebelarse.
La guerra de Manco Inca supuso el mayor enfrentamiento militar de la Conquista del Perú: los ejércitos cusqueños cortaron los caminos entre Lima y Cuzco, sitiaron ambas ciudades y en 1536 estuvieron cerca de tomar el Cuzco y expulsar definitivamente a los españoles; sin embargo, ante la llegada de los refuerzos españoles de Diego de Almagro y Alonso de Alvarado, Manco se refugió en Vilcabamba por tener que dar de baja a sus tropas por el excesivo tiempo que estaba tomando la guerra. Lideró la resistencia desde su reino independiente hasta que fue asesinado en 1545, apuñalado por un grupo de siete españoles almagristas que lo traicionaron.