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NO existe ninguna diferencia en la pronunciación. El hecho de que existan ambas responde a razones históricas, accidentales y no una razón profunda relacionada con la estructura o pronunciación de la lengua.
En la Edad Media existía una tendencia a escribir v para el sonido [β] (fricativa sonora labial) y b para el sonido [b] (oclusiva sonora labial), por esa razón en la edad media se escribía a veces cavallo (act. caballo) o bever (act. beber). A partir del siglo XVIII se estableció que la ortografía seguiría más o menos el origen latino, cuando en latín se empleaba B en castellano se emplearía b, y cuando en latín se empleó V en castellano se emplearía v (cuando en castellano representara una consonante).
Esta última regla etimológica, es altamente consistente, pero tiene algunas excepciones idiosincráticas: la palabra boda deriva del latín VOTA (‘los votos’), es decir, aquí una palabra latina con V quedó como palabra española con b.