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Las primeras relaciones entre españoles e indios ponen en contacto a dos grupos separados, aislados, que apenas se tocan, con mayor o menor violencia, en la periferia de sus formas de vida social. Los españoles comercian con el indio, o se apropian sus riquezas, o lo atacan con la fuerza de las armas y roban sus bienes o sus hombres; en todos estos casos la autonomía de las dos sociedades, momentáneamente puesta en cuestión, se restablece inmediatamente. El rescate, el saqueo y la esclavización constituyen las formas de apropiación de la riqueza indígena durante los años primeros de la conquista; son en general mecanismos que suponen que todavía el grupo indígena es libre, que aún no ha sido realmente conquistado. El indio continúa con su propia vida, sembrando sus productos usuales, creando la riqueza que siempre ha creado. Pero el botín fácil se agota, la esclavización se hace difícil y encuentra trabas morales y legales y los indios son sometidos, entran a formar parte de un grupo político más amplio, dentro del cual ocuparán la posición más baja: serán vasallos de la Corona y sobre todo, pues esto es lo que realmente cambia su situación, estarán obligados a organizar su trabajo de modo que puedan producir un excedente para el pueblo conquistador, para los españoles. Todas las formalidades jurídicas que hacen tan vasallo de la Corona española al conquistador, como al indio, resultan sin peso frente a la diferenciación real establecida por la subordinación económica del indio a los conquistadores, subordinación que expresa el hecho de que fueron éstos los victoriosos y aquéllos los vencidos y que es un eslabón en la cadena de un sistema económico mundial en formación. Por medio de los conquistadores, el trabajo indígena produce excedentes para la economía española y a través de ésta para el naciente mercado capitalista mundial.
La forma de organización del trabajo indígena dominante durante los primeros años de la sociedad colonial fue la encomienda1 una institución que era en primer lugar un sistema de control y utilización de mano de obra y en segundo término un mecanismo de aculturación de los indios y de defensa militar de los establecimientos españoles contra las rebeliones indígenas.
La encomienda consistía, como ya se ha dicho, en la distribución de un grupo de indígenas, generalmente un "pueblo" indígena, a un conquistador, quien obtenía el derecho a utilizar a los indios en sus diversas empresas económicas y a cobrarles un tributo y se obligaba en cambio a adoctrinar a los indios y a mantener caballo y armas para defender la ciudad española de cualquier ataque. Establecida por vez primera en el Caribe, fue evolucionando lentamente, en respuesta a la disminución de la población y a la presión moral ejercida por religiosos como Bartolomé de las Casas. Así, en 1512-13 fue regulada detalladamente en las Leyes de Burgos, que señalaron las obligaciones de los indígenas en forma muy precisa. El tipo de utilización del indígena entonces deseado puede inferirse de que estas leyes, cuya intención era suavizar la explotación de los indios, señalaran su obligación de trabajar 9 meses al año en servicio de los encomenderos y de ceder a éstos la mayor parte de sus tierras, reservando para su propio cultivo media fanegada por cabeza. Pero la oposición lascasiana y la evidencia creciente del despoblamiento continuaban haciendo dudar de la conveniencia del sistema, y la legislación española refleja en los años siguientes la vacilación entre las pretensiones de los colonos y los intereses de la Corona. En 1521, por ejemplo, se prohibió su establecimiento en Méjico, pero a los pocos años volvió a autorizarse. Y en 1526 una cédula real reformó varios aspectos de la institución, como respuesta a la destrucción de los indios, mencionada explícitamente, pero manteniendo la conveniencia de encomendar los indios a los "cristianos, para que se sirvan de ellos como personas libres"2. Como es claro, la Corona podía tratar de orientar en forma diferente la explotación indígena, pero todo el proceso de conquista dependía de que las nuevas poblaciones asumieran un determinado papel dentro de la división internacional del trabajo, por lo cual la política real es siempre una búsqueda de una forma de explotación de los indios que no entre en demasiado conflicto con otras metas de la monarquía o con los valores religiosos vigentes. Detrás del conquistador o el encomendero, por más que su actuación individual viole ciertas leyes españolas, está siempre el respaldo global del imperio español.