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Robert Whittaker reconoce el reino adicional de los hongos (Fungi) en 1959.19 El resultado fue el sistema de los 5 reinos, propuesto en 1969,9 que se convirtió en un estándar muy popular y que, con algunas modificaciones, aún hoy se utiliza en muchas obras o constituye la base para nuevos sistemas propuestos. Se basa principalmente en las diferencias en materia de nutrición: Plantae son en su mayoría pluricelulares autótrofos, Animalia pluricelulares heterótrofos y Fungi pluricelulares saprofitos. Los otros dos reinos, Protista (eucariotas) y Monera (procariotas), incluyen organismos unicelulares o coloniales.
Ante la posibilidad de que algunos de estos reinos pudieran no ser monofiléticos, Whittaker argüia: "La monofilia es un valor primordial en sistemática, pero al igual que otros valores, no es absoluto y no siempre se debe seguir si se sacrifican otros objetivos".9
Otros trabajos han apoyado este sistema de cinco reinos, como el de Margulis (1974)20 y Margulis & Schwartz (1998),21 quienes usaron el término original de Hogg Protoctista.