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Fue presidente de la Asociación Escuela de Derecho y miembro del Partido Patriótico Popular fundado por su padre. Elegido concejal del Municipio de Quito en la época del popular alcalde Sixto Durán Ballén, integró la Comisión de Reestructuración Jurídica del Estado que redactó el proyecto de nueva Constitución aprobada en el referéndum de 1978 durante el proceso de retorno a la vida democrática, impulsado por el Consejo Supremo de Gobierno. Ganó las elecciones de prefecto provincial de Pichincha para 1984 - 1988 y fue escogido presidente del Consorcio de Consejos Provinciales en 1984. El PPP se había fusionado con el Partido Demócrata que se extinguió en 1988. Algunos de sus antiguos miembros se unieron al Frente Radical Alfarista.
Como militante de este partido, Alarcón Rivera fue elegido diputado en 1990 y luego varias veces más ya como diputado provincial, ya como nacional. Fue presidente del Congreso en los períodos de 1991-1992, 1995-1996 y 1996-1997, en este último período se desató la crisis política a causa del gobierno del presidente Abdalá Bucaram, resultando en masivas protestas en su contra, ante lo cual Alarcón instó al Congreso Nacional a destituir a Bucaram, utilizando la figura de la Incapacidad Mental, efectuándose esto por mayoría simple el 6 de febrero de 1997, siendo designado como Presidente Constitucional Interino que provocó un caos constitucional.