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Los protozoos están organizados en diversos grupos (Phylum), y la mayoría de ellos son heterótrofos aerobios, aunque algunos grupos de parásitos intestinales son heterótrofos anaeróbicos. En los protozoos existen diversos mecanismos para absorber los alimentos. Algunos organismos son capaces de captar los nutrientes mediante difusión simple, mientras que otros utilizan estructuras especiales en la membrana celular para la entrada del alimento o lo capturan mediante vacuolas en procesos de fagocitosis.
Muchos de estos organismos dependen de otros seres vivos para sobrevivir, es decir, la nutrición de los protozoos depende en muchos casos de la interacción simbionte, comensalista o parásita con otros organismos como plantas y animales. Algunas especies de protozoos parásitos son los causantes de las enfermedades más relevantes en los seres humanos y las mascotas.
El modo de nutrición de los protozoos es muy variable y en muchos casos son oportunistas, por lo cual resulta difícil establecer grupos y subgrupos de estos organismos basándose en sus características nutricionales. El tipo de nutrición más utilizado por estos organismos es la heterotrofia, es decir, que pueden ingerir los alimentos de forma soluble o en forma de partículas. La nutrición de los protozoos heterótrofos varía en organismos holozoicos y fagotrófos que absorben su alimento en forma de partículas, y organismos saprozoicos y osmótrofos que ingieren alimento soluble. Por otro lado, los protozoos autótrofos emplean la energía solar para sintetizar componentes orgánicos, de manera que son también conocidos como fotótrofos.
Los tipos de nutrición de los protozoos son mucho más evidentes en organismos que forman colonias, ya que en los organismos unicelulares resulta difícil distinguir qué modo de alimentación emplean en mayor proporción, ya que muy pocos emplean un tipo de nutrición exclusiva.
Las vacuolas digestivas son fagosomas fusionados con los lisosomas que aportan enzimas digestivas para degradar las partículas. Una vez que las partículas son digeridas, quedan disponibles las moléculas orgánicas esenciales en las actividades celulares.
Algunos protozoos como las amebas y otros pertenecientes al subphylum Sarcodina, pueden llevar a cabo la fagocitosis en cualquier lugar de la membrana celular, y en el caso de las amebas que presentan una cubierta exterior, presentan además, una apertura especial por la cual salen los seudópodos y capturan las partículas. Por otro lado, la nutrición de los protozoos ciliados, flagelados y apicomplejos, ocurre a través de una estructura definida en la membrana, conocida generalmente como citostoma.
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