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Los sistemas innatos de reconocimiento celular se basan en proteínas superficiales o intracelulares de células epiteliales, neutrófilos, macrófagos y células dendríticas y en receptores citoplásmicos solubles. Todos estos receptores son generalmente llamados PRRs (Receptores de Reconocimiento de Patrones) y se unen a moléculas PAMPs (Patrones Moleculares asociados a Patógenos) expresadas solamente por el patógeno (lipopolisacáridos, carbohidratos y lipoproteínas bacterianos, peptidoglicanos, ARN, ADN, etc.) así como por la flora comensal.
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