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En la ciencia de la biología, un mecanismo es un sistema de partes y procesos que interactúan causalmente y que producen uno o más efectos.[1] Los científicos explican los fenómenos describiendo los mecanismos que podrían producir los fenómenos. Por ejemplo, la selección natural es un mecanismo de evolución biológica; otros mecanismos de evolución incluyen la deriva genética, la mutación y el flujo de genes. En ecología, los mecanismos como la depredación y las interacciones huésped-parásito producen cambios en los sistemas ecológicos. En la práctica, ninguna descripción de un mecanismo está completa porque no se conocen completamente todos los detalles de las partes y los procesos de un mecanismo. Por ejemplo, la selección natural es un mecanismo de evolución que incluye innumerables interacciones interindividuales con otros individuos, componentes y procesos del entorno en el que opera la selección natural.
Al considerar a un ser vivo o un elemento biológico como un mecanismo, puede asumirse que está formado a su vez por entidades que interactúan. Estas entidades son objetos físicos que participan en las actividades del ser vivo al poseer propiedades específicas que las hacen posibles. Por ejemplo, en el mecanismo de neurotransmisión química, una neurona presináptica trasmite una señal a una neurona postsináptica a través de la liberación de moléculas neurotransmisoras que se propagan a través de la hendidura sináptica, se enlazan con los receptores, y así la célula post-sináptica es despolarizada