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Homologías y analogías
Dado que un árbol filogenético es una hipótesis sobre las relaciones evolutivas, para construirlo es necesario utilizar caracteres que sean indicadores fiables de una ascendencia común. Utilizamos caracteres homólogos — caracteres de diferentes organismos que se parecen porque fueron heredados de un antepasado común que también poseía ese carácter. Las cuatro extremidades de los tetrápodos son un ejemplo de caracteres homólogos. Los pájaros, murciélagos, ratones y cocodrilos, todos tienen cuatro extremidades. Los tiburones y los peces óseos, no. El antepasado de los tetrápodos evolucionó cuatro extremidades y sus descendientes han heredado ese rasgo; por lo tanto, la presencia de cuatro extremidades es una homología.
No todos los caracteres son homologías; por ejemplo, las aves y los murciélagos tienen alas, mientras que los ratones y los cocodrilos no las tienen. ¿Significa eso que las aves y los murciélagos están emparentadas más estrechamente entre sí que con los ratones y los cocodrilos? No. Cuando examinamos minuciosamente las alas de las aves y las de los murciélagos, vemos que hay algunas diferencias muy significativas.
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