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Fernando Daquilema debió nacer hacia 1845 aproximadamente, aunque no se ha podido encontrar su fe de bautizo. Su padre trabajaba en la hacienda “Tungurahuilla” y de su madre no se tiene ninguna noticia debido a que las genealogías tribales no consideran a la mujer con derecho a figurar en los árboles genealógicos; sólo interesa probar el tronco o varonía, que es lo que une por sangre a la tribu.
Entre los años 1860 se produjo una sobreexplotación de la fuerza de trabajo de los indígenas de la jurisdicción del cantón Riobamba. La parroquia de Yaruquíes, donde se gestó la sublevación de Fernando Daquilema, fue de las que más sufrió una drástica reducción de sus efectivos demográficos y uno de los mayores incrementos proporcionales en el pago del diezmo, entre 1870 y 1871.