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La presente investigación intenta mostrar, a partir de casos documentados, las contradicciones insalvables en que se movió la Iglesia católica durante la primera etapa de evangelización en el Perú colonial del siglo XVI. Por un lado, el choque entre los intereses que primaban en la dominación de las sociedades indígenas y la explotación de sus recursos económicos: fuerza de trabajo, productos, metales, etc., y, por otro, el objetivo de evangelizar a los nativos. Tal contradicción puede ser observada en específico en la labor del primer arzobispo de Lima Gerónimo de Loaysa, quien, más allá de su función pastoral dirigida a los indígenas, se dedicó a administrar una encomienda extrayendo altas cuotas de trabajo para realizar fructíferos negocios personales. Lo que revela este hecho particular es que los intereses económicos de los eclesiásticos se cruzaban de forma determinante con el ejercicio de su labor pastoral, limitándola seriamente en cuanto a la cobertura del clero y en cuanto a la relación con los feligreses, afectando también la transmisión de la doctrina a los indígenas.