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A partir de la importante reforma judicial de diciembre de 1994, se reforzaron los procesos de control constitucional a cargo de la Suprema Corte de Justicia de la Nación[23], varios de los cuales son de interés para el tema de este ensayo en la medida en que pueden servir, y de hecho sirven con alguna frecuencia, para solucionar los conflictos entre los legisladores y el poder ejecutivo.
En concreto hay que destacar el papel que han tenido las controversias constitucionales, que han sido específicamente diseñadas para desahogar diferencias entre órganos del poder, en cualquiera de los diversos niveles entre los que las funciones públicas se distribuyen en México (federal, local y municipal). La regulación constitucional de las controversias constitucionales se encuentra en el artículo 105 fracción I de la propia Carta Magna[24].
En los últimos años el número de controversias que se han interpuesto ante la Suprema Corte ha aumentado de manera considerable[25]. Aunque en su gran mayoría tienen como protagonistas a poderes locales (el patrón que más parece repetirse es el de un municipio en contra del poder ejecutivo de un gobierno estatal, ambos pertenecientes a partidos políticos distintos), varias de ellas se han interpuesto –y ganado- por alguna de las Cámaras legislativas federales en contra del Presidente. Esto ha producido el doble efecto de potenciar el papel de intermediación de la Suprema Corte y el –quizá menos deseable- de terminar judicializando la política.
Eventualmente, también pueden servir de manera indirecta para deshogar conflictos entre ejecutivo y legislativo las llamadas acciones de inconstitucionalidad, que es un instrumento para que las minorías parlamentarias (mínimo el 33% de cada órgano legislativo) pueda impugnar las leyes o decretos aprobados por el mismo órgano al que pertenecen. Menos adecuadas que las controversias, se pueden llegar a utilizar si el Presidente utiliza su mayoría relativa en alguna cámara para hacer aprobar una ley que la oposición juzga como inconstitucional[26].
Tanto las controversias constitucionales como las acciones de inconstitucionalidad, pese a su demostrada utilidad en varios casos, presentan diversas deficiencias en su regulación actual, mismas que han sido destacadas y criticadas por los analistas y que deberían llevar también a importantes reformas en el futuro inmediato.