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Missy Moreno está en casa con su papá, Marcus Moreno, quien se retiró de Heroicos, pero todavía trabaja en la Sede de Heroicos. Se informa sobre un ataque y Missy es enviada al Cuartel General y colocada en una bóveda con otros niños de los Heroicos. Marcus advierte a la Sra. Granada, el jefe, que la invasión es una gran amenaza. Ella envía a los Heroicos, incluido Marcus, a luchar contra los alienígenas.
Missy conoce a los otros niños, Ruedas, Espagueti, que pueden estirarse, Comodín, que tiene cualquier poder imaginable pero sin control, Rebobinar y Adelantar, gemelos que pueden alterar el tiempo, Ojo, que dibuja como una diosa, Face Maker, que puede hacer cualquier cara, Guppy, que tiene la fuerza de un tiburón y puede transformar el agua en cualquier cosa, Cámara Lenta, que es muy rápido pero atrapado en una distorsión del tiempo que lo hace lento, y A Capella, que mueve objetos cantando. Los niños ven la batalla entre los extraterrestres y Heroicos en la televisión. Los heroicos son capturados. La sede se cierra y Missy se da cuenta de que los dibujos de Ojo dicen el futuro con cinco minutos de anticipación. En uno de sus dibujos hay un tentáculo que irrumpe en la bóveda, por lo que los niños escapan.
Face Maker engaña a los guardias para que entren en la bóveda donde Guppy los ataca, pero uno de los guardias presiona un botón, bloqueando el cuartel general. Rebobinar los envía atrás en el tiempo, Ruedas evita que el guardia presione el botón y Espagueti les arrebata sus cartas. La Señora. Granada ve a Missy en el pasillo y sella las puertas, pero A Capella hace una escalera hasta el techo, que los lleva a escapar. Espagueti activa un carrito que los lleva a la entrada. A Capella levanta el carro del suelo. Espagueti salta del carro y los envía hacia un destino incierto.
Los niños aterrizan en la casa de la abuela de Missy, la entrenadora de los heroicos. Ella entrena a los niños para que utilicen el trabajo en equipo para derrotar a los alienígenas. Missy se da por vencida por no tener superpoderes, pero su abuela la anima a volver. La abuela ve a los guardias que llegan y envía a los niños a un túnel que conduce a un campo. Ella es secuestrada por extraterrestres y los niños ven una nave alienígena. Los extraterrestres alcanzan a los niños, pero los niños encienden el avión y ascienden a la sede de los extraterrestres. Llegan a una habitación con una pirámide púrpura, la nave espacial que está siendo enviada a la tierra para iniciar una "toma de control". Los niños ven al presidente en la habitación. Y Granada llega detrás de ellos y los felicita por encontrar la nave espacial y "derrotar a los extraterrestres".
Pero llega el presidente. Se revela que él y Granada son líderes alienígenas. Los niños son llevados a una celda. Los niños lloran para que Guppy tome las lágrimas y haga una réplica de la llave. Se escapan y Comodín y Face Maker se separan del resto del equipo. Los niños son atrapados por los guardias y Adelantar y Rebobinar usan sus habilidades, pero los guardias los esposan. Rebobinar los lleva atrás en el tiempo y, en cambio, esposan a los guardias.
Comodín es capturado y llevado para interrogarlo, mientras que los otros niños regresan a la habitación con la pirámide púrpura. Cuando Ruedas piratea la placa base, aparece un gran escudo y se revela que Ojo es el comandante suprema. Granada interroga a Comodín , pero Missy puede comunicarse con Comodín que está en la sala de control. El Comodín que esta con Granada es en verdad Face Maker y Granada se va a la sala de control para detener Comodín. Comodín desactiva el escudo, pero Ojo trae a los monstruos de sus dibujos a la realidad y los niños los detienen a todos. Cuando el tiempo para el lanzamiento del cohete esta por llegar a su fin, Ruedas piratea la placa base y envía una nueva al cohete. Cuando termina el tiempo, los héroes aparecen desde el interior del cohete. Ojo revela que la adquisición no fue real. Fue un ejercicio de entrenamiento, entrenar a los niños para ser un equipo. Los niños y sus padres se reúnen.
La película acaba con un plano con los niños ya con sus trajes de equipo (de superhéroe).