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El cambio climático global ha hecho que en los últimos anos disminuyan de manera importante las lluvias en el sur del país, especialmente en las regiones Araucanía y Los Lagos. De la data de estaciones meteorológicas entre 1931 a 2001 se determino una baja general, pero Valdivia fue la ciudad de la zona que presento la baja mas importante. En 70 anos el volumen de agua caída ha disminuido en 540 mm anuales. Los efectos que puede generar el aumento de las temperaturas y la baja en las precipitaciones no se pueden conocer plenamente, pero si se sabe que afectan lasactividades agrícolas, silvícolas, acuícolas y el crecimiento de numerosa especies nativas. Se debe considerar que los cambios climáticos están muy relacionados con la deforestación. Entre los ecosistemas naturales de la Provincia de Valdivia, destacan los ecosistemas terrestres como el Bosque Nativo o Selva Valdiviana con tipos de organismos vivos propios y característicos sólo de esta parte del mundo y evolucionados en estos territorios. Esta condición, ha obligado a establecer zonas protegidas naturales como el Parque Ongol, recinto privado perteneciente a la Forestal Valdivia, el santuario dela Naturaleza Río Cruces (Carlos Andwanter) y el Parque Costero Curiñanco.
La Región también presenta ecosistemas acuáticos distinguiéndose los humedales con una gran diversidad biológica, en la cual se incluyen plantas y animales, especialmente aves, reptiles y anfibios.
La Flora y Fauna de la Selva Valdiviana, se caracteriza fundamentalmente por la existencia de un bosque alto y tupido, muy húmedo, con un sotobosque rico en enredaderas, helechos y babuceas. Estos bosques, se componen de diversas especies arbóreas tales como Araucarias, Mañío macho y
hembra, Arrayan, Avellano, Radal, Canelo, Avellanillo, Notro, Ciprés de las Guaitecas, Ciprés de la Cordillera, Alerce, Luma, Maitén, Ulmo o Muermo, Laurel, Lingue, Tepa y Pelu. Sin embargo, los arboles más característicos son las fagáceas como el Roble, Coigue, Raulí, Lenga y Ñirre.
En el sotobosque y en las praderas crecen numerosas especies de helechos como el quilquil,costilla de vaca, palmilla; enredaderas como el copihue, el coral o azahar del monte y gramíneas bambuceas como la quila y el coligue Los humedales por su parte, presentan una rica vegetación, denominada comúnmente Hualves en la cual habita la fauna de especies introducidas, y no nativas de la zona. Esta fauna presenta una gran diversidad de especies perteneciente a las categorías de aves, mamíferos, anfibios y fauna marina (invertebrada y vertebrada). Entre los mamíferos, destacan el Ratoncito común, Visón, Chingue común, Coipo.
Entre los Anfibios, existe la Rana grande, Sapito de cuatro ojos, Sapito Darwin, Entre los Vertebrados Marinos se encuentra el Puye, Cauque, la Pocha de los lagos. Entre los Invertebrados Marinos, se encuentran Algas como la Chicorea de mar, Cochayuyo, Luga – Luga, Pelillo, y Moluscos como el Caracol, Trumulco, Chorito, Choro. Entre los Crustáceos, destacan la Centolla, Jaiba Marmola, Jaiba Mora, Erizo, Piure. Entre las Aves representativas, destacan el Pato jergón chico, Mirlo, Pato jergón grande,Dormilona tontita, Pequen, Pato negro, Aguilucho, Zarapito, Cisne coscoruba, Pato rana picoancho, Codorniz, Águila pescadora, Gallina ciega, Peuco, Jilguero, Pelicano, Bandurria, cernícalo, Cercan, Cisne de cuello negro, cormorán negro.