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La teoría de la evolución se ocupa de tres materias diferentes. La primera es el hecho de la evolución; esto es, que las especies vivientes cambian a través del tiempo y están emparentadas entre sí debido a que descienden de antepasados comunes. La segunda materia es la historia de la evolución; esto es, las relaciones particulares de parentesco entre unos organismos y otros (por ejemplo, entre el chimpancé, el hombre y el orangután) y cuándo se separaron unos de otros los linajes que llevan a las especies vivientes. La tercera materia se refiere a las causas de la evolución de los organismos».
De estas tres cuestiones, la primera puede considerarse, efectivamente, como un hecho. Hay datos más que suficientes para afirmar como científicamente cierto que todas las especies existentes tienen antepasados comunes, y que se ha dado por tanto una evolución desde unas especies primitivas y menos complejas hasta las que conocemos en la actualidad. También sabemos con certeza, por los restos fósiles, que muchas especies se han extinguido.
Este último hecho pertenece al segundo aspecto de la evolución señalado por Ayala: el de la historia de la evolución. En este ámbito de la teoría, el grado de certeza que poseemos es menor que el que pueden alcanzar las ciencias matematizadas. Los hallazgos que se van produciendo hacen que cambie con bastante frecuencia lo que ya estaba establecido. La genética moderna ha contribuido a confirmar muchos de los resultados obtenidos por otras vías.
El aspecto quizás más difícil y problemá- tico es el de la determinación de las causas de la evolución. Lo que se trata de explicar es el origen del aumento de complejidad y diversidad en el mundo de los seres vivos.
Una de las tesis que ha dominado en el mundo académico y científico desde casi los inicios del siglo XX, afirma que la causa principal de la evolución es la «selección natural» actuando sobre una población que, aunque de la misma especie, presenta una cierta variedad genética. Dicha variedad es consecuencia de las modificaciones que se producen en el código genético de los individuos de la especie. Las modificaciones tienen un carácter fortuito o azaroso. Actualmente se tiene la certeza científica de que la variación más la selección natural, propuestas inicialmente por Darwin y Wallace, son causa de cambios y de adaptación al ambiente en los seres vivos. Sigue discutiéndose, y no existe el mismo acuerdo científico sobre ello, el grado de influencia que este mecanismo tiene realmente en la explicación del incremento de complejidad y, consiguientemente, en la evolución de las especies.