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En la Universidad de Berlín,1 Schwann nuevamente entró en contacto con Müller, quien le convenció de seguir una carrera científica. Muy poco después de comenzar a trabajar con Müller, tuvo su primer éxito. A partir de extractos de revestimientos del estómago, Schwann demostró que un factor que no era el ácido clorhídrico estaba operando en la digestión. Dos años más tarde, en 1836, logró aislar el principio activo, que llamó «pepsina».
Entre 1834 y 1838 Schwann llevó a cabo una serie de experimentos diseñados para resolver la cuestión de la verdad o falsedad del concepto de la generación espontánea. Su método consistía en exponer un caldo esterilizado (hervido) sólo con aire caliente en un tubo de vidrio. El resultado que obtuvo fue la imposibilidad de detectar microorganismos y la ausencia de cambio químico (putrefacción) en el caldo. Estaba convencido de que la idea de la generación espontánea era falsa. Sus estudios de la fermentación del azúcar de 1836 también condujeron a su descubrimiento de que la levadura originaba el proceso químico de fermentación.
Por propuesta de Müller, Schwann también inició una investigación sobre la contracción muscular y descubrió los músculos estriados en la parte superior del esófago. También identificó la envoltura delicada de las células que rodean las fibras nerviosas periféricas, que actualmente se denominan la vaina de Schwann.
Teoría de la célulaLa teoria celular por Schwann realizaban observaciones interesantes en plantas y animales que los llevaron a establecer la teoria celular.