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Luego de la conquista, los españoles intentaron establecer una nueva sociedad en América, pero su organización les presentó una serie de dilemas. El más importante era qué hacer con los habitantes originarios de las tierras conquistadas, a quienes llamaron indios.
Este dilema tenía su origen en la discusión acerca de la naturaleza de los indios: si eran humanos o no. Luego de una larga y acalorada polémica entre sabios españoles, entre quienes se destacó Bartolomé de las Casas, se llegó a la conclusión de que los indígenas eran humanos.
Por lo tanto, serían considerados legalmente como personas. Sin embargo, como se los equiparaba con los menores de edad, debían ser tutelados por los adultos (en este caso, los españoles).
Además, desde un primer momento, los reyes de España intentaron separar a los indios de los españoles, legal y físicamente. Las dos “repúblicas” o comunidades —la de los españoles y la de los indígenas— tenían existencia legal como entidades separadas entre sí. Esta separación nunca fue efectiva y, desde un comienzo, ambas comunidades se relacionaron e, incluso, se mezclaron.
Para los indígenas americanos, la conquista significó un verdadero trauma. Eran los vencidos en un choque violento que se desarrolló en varios frentes. Tanto su existencia física como social y cultural estaba amenazada por la sola presencia de los españoles. Con respecto a la existencia física, los españoles habían traído de Europa enfermedades totalmente desconocidas en América, a causa del aislamiento de este continente.
La gripe, el sarampión y las paperas eran inofensivas para los españoles. pero resultaron trágicas para los indígenas. Este “choque biológico” causó, en toda América, un drástico descenso de la población indígena a lo largo de los siglos XVI y XVII. El descenso demográfico fue mayor en algunas zonas que en otras, de acuerdo a la intensidad del contacto entre indígenas y españoles. En Nueva España, la zona más poblada del continente, la población indígena pasó de unos veinte millones en 1519 a poco más de un millón alrededor de 1610.
Además de este choque biológico, los indígenas tuvieron que enfrentarse con las demandas de los vencedores. Cuando los españoles fundaban una ciudad, repartían los indígenas entre sus hombres como recompensa por su participación en la empresa de conquista y poblamiento. Este reparto se llamaba encomienda. De acuerdo con la ley española, los encomenderos recibían los tributos de los indios a su cargo y, a su vez, el encomendero debía darles protección y enseñanza en la fe católica. Cada indio adulto debía pagar el tributo en bienes, en trabajo o en moneda.
Este sistema dio lugar a múltiples abusos por parte de los encomenderos. Además del pago del tributo, los indígenas debían trabajar para los españoles en forma rotativa en diferentes actividades, no sólo en la minería sino también en el mantenimiento de caminos, construcciones públicas y limpieza de canales.
Las presiones impuestas por los españoles causaron efectos muy diversos sobre los indígenas. Algunos cayeron en el agotamiento, la desesperación y el desaliento que los llevaron a la muerte. Esto ocurrió, por ejemplo, en Santo Domingo, donde los indígenas se extinguieron ya en el siglo XVI, agotados por el sobretrabajo exigido por los españoles. Otros huyeron de sus lugares de residencia, para alejarse del encomendero y del tributo.
En estos casos se produjeron grandes migraciones indígenas tanto en Nueva España como en los Andes. Los que se quedaron en sus lugares de origen lograron un acuerdo con el encomendero: podían producir alimentos y venderlos en los mercados