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Desde la independencia de España en 1821, el país vivió continuas crisis políticas. En las dos décadas que siguieron a este hecho, El Salvador intentó establecer una federación con las demás naciones centroamericanas. Tras el fracaso del proyecto federal, El Salvador promulgó su primera Constitución como estado unitario en 1841.
En los años siguientes, el país vivió en un estado de constante inestabilidad política, debido a la pugna entre liberales y conservadores. El triunfo definitivo de los primeros, en 1871, propició una sucesión de gobiernos dirigidos por terratenientes, la «República Cafetalera». Durante esta época, en 1881 y 1882, el presidente Rafael Zaldívar decretó la abolición de la propiedad comunal y Ejido. Los historiadores consideran que esta medida contribuyó a crear una concentración en la tenencia de la tierra, una de las causas de la guerra civil en el siglo XX.14
En diciembre de 1931, el general Maximiliano Hernández Martínez se convirtió en Presidente de El Salvador, después del derrocamiento del gobernante civil, Arturo Araujo. Con el general Hernández Martínez se inició una sucesión de gobiernos militares que habrían de regir el país hasta 1979.
La concentración de la tierra en pocas manos y las enormes desigualdades sociales generaron un levantamiento campesino e indígena en 1932, que fue brutalmente reprimido, con cerca de 30.000 muertos. El régimen de Martínez se consolidó después de contener la rebelión, manteniéndose en el poder hasta 1944. En la década de 1950, los gobiernos de los coroneles Óscar Osorio y José María Lemus, impulsaron algunas reformas sociales pero mantuvieron un fuerte control de la oposición.
La llamada «Guerra del Fútbol » con Honduras 1969, provocó el regreso en masa de miles de salvadoreños establecidos en el país vecino, lo que hizo aumentar las tensiones sociales
Durante la década de 1970, El Salvador se transformó progresivamente en un hervidero social. La falta de libertades, la abismal brecha entre ricos y pobres (el 10 % de la población disfrutaba del 80 % de las riquezas del país), sumados a la creciente tensión internacional entre occidente y el bloque comunista, contribuían a caldear el país.
En 1970, surgieron las Fuerzas Populares de Liberación Farabundo Martí (FPL), una escisión del Partido Comunista Salvadoreño (fundado en 1930). En febrero de 1971, el «Grupo», una organización formada por estudiantes universitarios, (antecedente del Ejército Revolucionario del Pueblo, ERP) secuestró y dio muerte al empresario Ernesto Regalado Dueñas, en la primera acción armada de un grupo de izquierda revolucionaria.16 En las elecciones del 20 de febrero de 1972, la oposición civil conformó la coalición denominada Unión Nacional Opositora (UNO) que presentó como candidato presidencial, al exalcalde de San Salvador, José Napoleón Duarte. Después de los comicios, el Consejo Central de Elecciones, declaró ganador al candidato oficial, Coronel Arturo Armando Molina. La UNO realizó denuncias reiteradas sobre un fraude electoral de grandes proporciones.
El 25 de marzo de 1972, en protesta por el fraude, un grupo de jóvenes militares trató fallidamente de dar un golpe de estado. El fracaso de la oposición electoral contribuyó a acelerar el proceso de radicalización social y a engrosar las filas de las recientemente fundadas organizaciones guerrilleras.18 En febrero de 1977, en un nuevo proceso electoral calificado como fraudulento fue elegido presidente el general Carlos Humberto Romero.
En 1975 se constituyeron las Fuerzas Armadas de la Resistencia Nacional (FARN), como escisión del ERP y en 1976 surgió el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos. Estos grupos armados mantuvieron una relación de cooperación con las organizaciones obreras, campesinas y estudiantiles (los llamados frentes de masas). Para financiarse, los nacientes grupos guerrilleros recurrieron a los secuestros de empresarios y funcionarios públicos como los de Roberto Poma (secuestrado por el ERP) y Mauricio Borgonovo Pohl (secuestrado por las FPL), ambos acontecidos en 1977. El gobierno de Molina y el de su sucesor Romero trataron de contener el crecimiento de los movimientos de izquierda con la represión ejecutada por los cuerpos de seguridad y el grupo paramilitar ORDEN. A fines de los años setenta los grupos paramilitares sumaban unos 100 000 miembros armados.19 Hubo asesinatos selectivos de maestros, dirigentes campesinos y sindicales y estudiantes universitarios y represión de manifestaciones públicas, como la disolución de una marcha estudiantil el 30 de julio de 1975 y la llamada matanza de las gradas de Catedral el 8 de mayo de 1979.