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Tanto en el lado peruano como en el boliviano el Lago Titicaca cuenta con reservas de flora y fauna, existe una responsabilidad ecológica compartida, pues en el lado peruano, cerca de la ciudad de Puno, se viene luchando contra un grave problema de drenajes contaminantes que han ocasionado la multiplicación de algas, lo que motivó un gran estudio el año 2000, estudio llevado a cabo por el Proyecto Especial Binacional Lago Titicaca.
En la fauna entre Bolivia y Perú puede contarse la existencia de por lo menos dos docenas de aves silvestres como las parihuanas, patos, guallatas y zambullidores. Peces como el Carachi, el Suche, el Ispi, la Trucha son la base de platos como el Ispi (boliviano) y el ceviche (peruano). En el lago existe una especie conocida como rana gigante del lago Titicaca, siendo el lago el único hábitat de esta especie.
Auquénidos como la Llama o la Alpaca que proveen de lana a los habitantes de infinidad de poblados, permiten la elaboración de tejidos originales reconocidos a nivel mundial, como la tela de Aguayo.
Mientras que la vegetación del lago se clasifica en anfibia, sumergida y flotante, y compone uno de los principales elementos del ciclo del ecosistema. En el Lago Titicaca hay más de una docena de plantas acuáticas, la lenteja de agua, el Yana Llacho o la Totora, materia prima de los "Caballitos de Mar”, barcas elaboradas de totora con casi 3000 años de historia, también son propias de la zona.
En la flora terrestre pueden identificarse a más de 64 variedades de plantas.
Son por estas y más atractivos naturales es que en el 31 de Octubre de 1978 forma parte del Sistema Nacional de Áreas Naturales Protegidas por el estado (SINANPE), siendo desde entonces "La Reserva Nacional del Titicaca”; encargado de velar por la conservación y el aprovechamiento sostenible de los Recursos Naturales con miras a fortalecer los pilares del desarrollo sostenible del país.