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El conquistador español tenía una edad promedio de 25 años, y entendía su misión en América como extensión de la reconquista española. Las mujeres españolas que emigraron a América fueron en una menor proporción, entre una por cada 9 u 8 hombres. El mestizaje en este continente surgió, por ello, coetáneo a la llegada de los europeos a América. En general primaban las relaciones monógamas, como extensión cultural española, pero con descendencia sujeta a legitimación por la corona, que en general concedía. De hecho, la mayoría de los descendientes de los grandes conquistadores españoles en la primera mitad del siglo XVI, eran mestizos, cifra que podría llegar a más del 65 % de españoles de rangos inferiores.5
Tras el período de conquista, la corona española pretendió desalentar el mestizaje, y estableció un sistema de castas, similar a como en la península se hizo con la doctrina de la “limpieza de sangre” para limitar privilegios, de tal forma un individuo que pertenecía a “razas” diferentes, tenía su sangre mezclada, formando parte de una casta, hecho que a su vez repercutía en sus derechos. Sin embargo, indiscutiblemente, el sistema de castas jamás fue impermeable, en tal magnitud que el conjunto de “castas” sobrepasó siempre al número de blancos. Los varones blancos eran los que se mestizaban con mujeres indias, mestizas, negras y mulatas en uniones casuales, generalmente en relaciones de amo-esclava o amo-sirvienta.6 7 6
Sin embargo la corona española en aquella época, prohibía las relaciones sexuales entre una mujer blanca con un hombre amerindio o africano. Si ocurría esto, los amerindios y africanos de sexo masculino eran condenados a muerte, con el simple pretexto de considerar una violación o abuso sexual. A pesar de estas restringidas leyes impuestas por la corona, algunas mujeres blancas o europeas, clandestinamente también tuvieron relaciones sexuales con hombres amerindios y africanos. Las mujeres blancas que se mestizaban a ocultas con hombres indios, mestizos, negros y mulatos, pertenecían a la clase social media baja y baja.
Se crearon intereses de castas, de tal forma que se prohibió a unos portar armas, o ser caciques o protectores de indios, escribanos, corregidores y alcaldes mayores, sentar plaza de soldado, obtener grados universitarios y acceder a las órdenes religiosas, salvo en el caso de que demostraran su condición necesaria. El problema habría resultado insignificante si el mestizaje hubiera sido escaso, pero resultó que generación tras otra ya las castas no podían identificarse, perdiendo la función de rol social pretendida.8
El término “mestizo” en la actualidad es más incierto, y se aplica a personas que comparten ascendencias europea y amerindia o africana, sean cualquiera las proporciones, atribuyéndole distintos significados según la cultura local.
En América del Sur, el escritor peruano Inca Garcilaso de la Vega, fue hijo del conquistador español Sebastián Garcilaso de la Vega y de la princesa inca Isabel Chimpu Ocllo, se llamaba a sí mismo mestizo. Se le considera como el "primer mestizo biológico y espiritual de América. Vivió en el pueblo de Montilla, Andalucía, donde murió en 1616.
En países con mayorías indígenas, como Guatemala y Bolivia, el término “mestizo” no ha perdido su significado cultural, por ejemplo, en algunos casos se considera “indígena” sólo si aquel vive y mantiene la forma de vida tradicional (vestuario, costumbres e idiomas indígenas), en otro caso, se le considera “mestizo”. Además, la mayor parte de la pequeña minoría afro-americana también se identificaría simplemente como “mestizo”, en vez de negro, mulato o zambo, más por virtud de sus rasgos culturales y no por su ascendencia racial. Estas implicaciones culturales de “mestizo” pueden dar lugar a una sobreestimación de la población mestiza que de otra manera no serían mestizos en un sentido racial, sino específicamente, indígenas o africanos. Adicionalmente, ni el censo mexicano ni el peruano registran raza, de modo que cualquier cálculo realizado por los cuerpos de gobierno o agencias independientes son siempre estimaciones.[cita requerida]