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Desde los albores de la República se conformaron dos ideas políticas fundamentales. Una estuvo representada por los Pelucones o Partido Conservador y fue más proclive a aceptar la tutela de la Iglesia Católica y las formas autoritarias y centralistas de gobierno. La otra estuvo encarnada por los Pipiolos, luego Partido Liberal, y fue influida por las ideas que emergieron con la Ilustración. Aspiró a la libertad de conciencia y a un ordenamiento jurídico de la República, oponiéndose a todo régimen de fuerza, autoritario y pro eclesiástico. En la década de 1820, durante el período de organización republicana, los Pipiolos se enfrentaron a los Pelucones con el objetivo de imponer sus ideas, pero finalmente fueron derrotados en la batalla de Lircay por José Joaquín Prieto y Diego Portales, quienes iniciaron un período caracterizado por una política conservadora y autoritaria, plasmada en la Constitución de 1833, que aplastó el ideario liberal.
Después de 10 años, en 1842, surgió la Sociedad Literaria que aglutinó a una generación de jóvenes liberales liderados por José Victorino Lastarria. En 1849 los liberales fundaron el Club de la Reforma, inspirados en el propósito de poner fin a la omnipotencia presidencial y afianzar un régimen republicano y democrático. Al año siguiente los más radicalizados, como Santiago Arcos y Francisco Bilbao, junto a dirigentes de los artesanos, formaron la Sociedad de la Igualdad, que participó en el motín del 20 de abril de 1851 en las calles de Santiago. Los liberales, que impulsaron la autonomía de las provincias, también fueron protagonistas de la Revolución de 1851, que se opuso a la designación de Manuel Montt como candidato a presidente.
En 1856, la "cuestión del sacristán" dividió al Partido Conservador entre Nacionales o Montt-Varistas y doctrinarios o clericales. Estos últimos constituyeron con los liberales la oposición al gobierno autoritario de Manuel Montt y formaron la Fusión Liberal-Conservadora que aspiró a la atenuación de las prerrogativas del Poder Ejecutivo y a la defensa de las libertades públicas.
Tras la Revolución de 1859 las elites comprendieron la necesidad de elegir un Presidente de consenso como José Joaquín Pérez, quien por su carácter sereno, su cultura, su respeto a las personas y a las ideas, constituía una garantía para todos. En las elecciones parlamentarias de 1864 fueron elegidos parlamentarios políticos liberales tan ilustres como Federico Errázuriz, José Victorino Lastarria, Domingo Santa María, Miguel Luis Amunátegui y Benjamín Vicuña Mackenna, quienes lograron la aprobación de una ley de libertad de culto que permitió a quienes no eran católicos practicar su religión en edificios particulares y fundar escuelas privadas para su enseñanza.
La fusión liberal-conservadora no estuvo destinada a durar en el tiempo. Los liberales fueron partidarios de la secularización de las instituciones que la antigua legislación colonial entregaron a la Iglesia. Ante un decreto sobre libertad de enseñanza, el ministro conservador Abdón Cifuentes presentó su renuncia y el presidente Federico Errázuriz formó la Alianza Liberal incorporando a liberales reformistas y radicales a su gobierno, quienes en 1874 impusieron cambios en el ordenamiento constitucional y jurídico de la República, debilitando las prerrogativas del Ejecutivo, robusteciendo las del Congreso y ampliando el derecho de sufragio.
Durante el Gobierno de Domingo Santa María, se aprobaron las leyes laicas que concluyeron con la facultad que la Iglesia tenía sobre el registro de los nacimientos, las muertes y los matrimonios. Si bien José Manuel Balmaceda fue elegido presidente con el apoyo de los liberales su gobierno se caracterizó por defender las prerrogativas presidenciales, lo cual, sumado a otros factores políticos y económicos, desencadenó la Guerra Civil de 1891 y con ella el fin de la denominada República Liberal.