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Existen dos tipos de bases nitrogenadas: purinas, (adenina y guanina); y pirimidinas (citosina y timina en el adn y uracilo en el ARN).
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Biológicamente existen seis bases nitrogenadas relevantes (en realidad hay muchas más), que se clasifican en tres grupos: bases isoaloxazínicas (derivadas de la estructura de la isoaloxazina), bases púricas o purinas (derivadas de la estructura de la purina) y bases pirimidínicas, también llamadas bases pirimídicas o pirimidinas (derivadas de la estructura de la pirimidina).
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