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“Nacionalidad, Constitución y Libertad” era el lema que resumía el nuevo programa de gobierno, con eje en la organización institucional de los tres poderes del Estado. El Ejército permanente creado por Mitre contribuyó a la centralización política, actuando en la represión de los conflictos provinciales con las montoneras, y enla Guerra contra el Paraguay.
Instauró la Corte Suprema de Justicia y reglamentó el funcionamiento del Poder Judicial nacional. Le encargó a Dalmacio Vélez Sarsfield la redacción de un Código Civil, y nacionalizó el Código de Comercio del Estado de Buenos Aires. Ambos códigos fueron aprobados por el Congreso Nacional durante la presidencia de Domingo F. Sarmiento. En cambio, el Código Penal elaborado por Carlos Tejedor tuvo su aprobación casi dos décadas más tarde y el Código de Minería fue resistido porque desconocía los derechos de las provincias a la propiedad de las minas.